С 14 октября 2010 года стала возможна сквозная регистрация транзитных пассажиров и багажа, следующих из Астрахани, Хабаровска, Нижневартовска, Перми, Петропавловска-Камчатского, Тюмени и Южно-Сахалинска через а/п Шереметьево за рубеж рейсами ОАО "Аэрофлот - российские авиалинии".

К концу октября 2010 года сквозная регистрация транзитных пассажиров и багажа будет внедрена во всех российских представительствах Аэрофлота. Ранее сквозная регистрация стала доступна пассажирам, следующим за рубеж из Омска, Красноярска и Барнаула через аэропорт Шереметьево.

Благодаря внедрению сквозной регистрации пассажиры вначале путешествия из пунктов России в пункты ближнего и дальнего зарубежья могут зарегистрироваться на рейс и оформить багаж сразу до конечного пункта назначения. Таким образом, по прилету в Терминал D аэропорта Шереметьево пассажирам не потребуется дополнительно регистрироваться на стыковочный рейс, получать и повторно сдавать багаж для переоформления. Багаж принимается к таможенному оформлению и доставляется к самолету без участия пассажира.

Сквозная регистрация позволяет повышать качество наземного обслуживания транзитных пассажиров.
Сквозную регистрацию в Аэрофлоте начали применять с апреля 2006 года на международных рейсах. На сегодняшний день сквозная регистрация внедрена практически во всех зарубежных представительствах.